《世界林业动态》2013年第11期报道- 日本南北狭长、四面环海，地跨亚热带、温带和亚寒带，气候多样。因此，日本不仅有丰富的森林资源，还有其他各种自然环境资源、丰富的物种和特殊的生态系统。为保护这些资源，日本建立了各种自然环境保护区。在这些自然环境保护区中，除了保安林和防护林归农林水产省林野厅管辖外，其他主要归环境省管辖。

1．自然环境保护区

日本自然保护区包括原生自然环境保护区、自然环境保护区和都道府县自然环境保护区3种。截至2011年3月，共有自然环境保护区890处，总面积达到14.73万hm²。其中，原生自然环境保护区指定区域5处（5 631 hm²）；自然环境保护区指定区域10处（2.159 3万hm²）；都道府县自然环境保护区指定区域541处（7.734 2万hm²）。在自然环境保护区的9处特别区域中有野生动植物保护区7处，面积为1.486 8万hm²；在都道府县自然环境保护区的324处特别区域中有野生动植物保护区109处，面积为2 727 hm²。

2．自然公园

日本的自然公园分为国立公园、国定公园和都道府县自然公园3个层次。国立自然公园由国家直接投入和管理，国定自然公园由国家指定，地方投入和管理，都道府县自然公园由地方政府指定、投入和管理。截至2012年6月，日本国立自然公园共有30处，总面积209万hm²，占国土面积5.5%；国定自然公园共有56处，总面积136万hm²，占国土面积3.6%；都道府县自然公园共有315处，总面积198万hm²，占国土面积的5.2%。

3．野生生物保护区

截至2004年7月，日本国内共有珍稀野生动植物种73种，其中鸟类39种、哺乳4种、爬虫类1种、两栖类1种、鱼类4种、昆虫类5种、植物类19种（其中6种为国内特有珍稀物种）。为保护这些珍稀物种，日本建立了各种级别的鸟兽保护区和珍稀物种栖息地保护区。截至2012年11月，日本共有指定鸟兽保护区82处（58.469 2万hm²）、鸟兽特别保护区66处（15.848 5万hm²）、鸟兽特别保护指定区2处（1 159 hm²）、珍稀野生动植物种栖息地保护区9处（885 hm²）、湿地保护区46处（13.796 8万hm²）。

4．湿地资源

日本于1980年加入国际重要湿地公约拉姆萨尔湿地公约后，加大了对湿地保护的力度。1980年6月，日本最大的湿地——釧路湿地（1.9万hm²）成为日本第一个被列入国际重要湿地公约名录的湿地。据日本环境省2013年发布的数据，截至2012年8月，日本共有46处湿地被列入国际重要湿地公约名录，总面积达到13.796 8万hm²。近年来，环境省从保护沼泽、河流、湖泊、盐沼、红树林、沙滩、海藻、珊瑚礁、生物多样性等目的出发，在全国遴选出500处重要湿地，将对各种湿地的特性、功能、保存状况等基础数据进行调查，以制定相应的保护策略。

5．世界自然遗产

1972年在联合国教科文组织大会上通过了世界遗产公约，旨在保护和保存人类的共同财产，建立国际合作与援助体制。日本于1992年签署了这项公约。世界自然遗产包括文化遗产和自然遗产。自然遗产的评价标准有4项：自然景观、地形地质、生态系统、生物多样性。截至2011年，日本的屋久岛、白神山地、知床、小笠原诸岛被列入世界自然遗产。