《世界林业动态》2015年第14期报道 - 日本国有林按功能可分为防护林、自然公园、史迹名胜天然纪念物、保护林、绿色走廊、游憩林等。其中，保护林是以有利于维持原始森林生态系统所形成的自然环境、保护动植物、保存遗传资源、发展森林作业及管理技术及学术研究为目的，通过划定区域和以自然环境保护为首要目的的管理经营来谋求保护的国有林（日本林野厅网站）。

在国有林事业中，保护林制度是以学术研究、珍贵动植物保护、风景维持等为目的，在国立公园法（昭和6年-1931年，后改为自然公园法）及史迹名胜天然纪念物法（大正8年，后改为文化财产保护法）制定之前，于大正4年率先开始的一项致力于保护林的保护与管理的制度。

此后，为适应国民保护自然环境要求的高度化，成立了由有识之士组成的"林业和自然保护研讨委员会"，根据该委员会的报告，1989年在保护林的分类体系中增加了森林生态系统保护区等，扩大和改进了保护林制度。

现行制度中的保护林有7种分类：①森林生态系统保护区、②森林生物遗传资源保存林、③林木遗传资源保存林、④植物群落保护林、⑤特定动物栖息地保护林、⑥特定地理等保护林、⑦乡土森林。其中，森林生态系统保护区是考虑到国家的主要森林带而划定的。

根据世界遗产公约，被列入世界自然遗产的知床半岛、白神山地、小笠原群岛及屋久岛，在列入世界自然遗产之前就划为森林生态系统保护区，进行了严格的保护和管理。

而且，为了客观地把握保护林划定后的状况，对森林及动物等状况的变化，每5年进行一次监测调查，并将调查结果用于重新评估植被保护和管理等。